La pintura presenta la figura de San Francisco Xavier en una pose de éxtasis y devoción. La composición es vertical y centra al personaje, quien ocupa la mayor parte del lienzo. En la parte superior izquierda, un rompimiento de gloria irradia luz dorada, de la cual emerge la paloma del Espíritu Santo, acompañada de un halo luminoso que rodea la cabeza del santo, sugiriendo una intervención o inspiración divina directa. El santo viste una sotana oscura que se asoma por debajo de una sobrepelliz blanca, ricamente decorada con estolas de color marrón oscuro y motivos dorados o rojizos que caen desde sus hombros hasta casi sus pies. Los pliegues de la vestimenta blanca son voluminosos y suaves, creando un sentido de movimiento y ligereza, a pesar de la estabilidad de la figura. Su mano izquierda sostiene delicadamente un tallo con tres flores de lirio blanco.

La expresión facial del santo es de profunda contemplación y elevación. Su mirada se dirige hacia arriba, y su boca está ligeramente entreabierta, como si estuviera en medio de una oración o recibiendo una revelación. La barba y el cabello oscuro enmarcan su rostro, añadiendo a su solemnidad.

El fondo de la pintura es un paisaje idealizado, con tonos terrosos y oscuros que se desvanecen en tonos azules y grises en la lógica de la perspectiva atmosférica hasta hacer contacto con un cielo crepuscular o nublado en el horizonte. La luz general proviene de la parte superior izquierda, creando sombras suaves que dan volumen a la figura y a los pliegues de su ropa. La técnica de la pincelada parece ser detallada en la figura y más suelta en el fondo, donde el énfasis recae en el personaje principal y su drama espiritual.

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Francisco Xavier fue uno de los primeros compañeros de Ignacio de Loyola, quien lo envió a Asia para iniciar la empresa misionera de los jesuitas en el mundo. Canonizado junto con Ignacio, en 1622 se le veneraba no solo como místico y misionero sino también como gran taumaturgo, cuya intercesión salvaba de enfermedades, desgracias y peligros de todo tipo.

La pintura de San Francisco Xavier, bien puede haber estado en la Iglesia o Colegio de los jesuitas, igual que otros cuadros del acervo del Museo de Arte Sacro; sin embargo, hasta ahora no tenemos pruebas documentales acerca de su colocación original, y hay que tener presente que el culto a Xavier fue general en la Nueva España. El santo jesuita está de pie en un paisaje cuya definición se pierde en la distancia. En túnica negra, sobrepelliz blanco y estola, toda su atención está dirigida al cielo donde aparece, rodeado de luz, el monograma de Jesús: IHS. El gesto de las manos llama nuestra atención sobre la llama del amor a Dios, que sale de su pecho y sigue el mismo movimiento de su mirada hacia lo alto, mientras la azucena recuerda la pureza del santo.

Es una iconografía que pone énfasis en la identidad de Francisco Xavier como místico, sin olvidar su papel de misionero ya que está vestido para impartir el Sacramento del Bautismo, acción fundamental de la actividad evangelizadora. La composición del cuadro remite a un modelo del maestro flamenco, Pedro Pablo Rubens, conocido en la Nueva España por lo menos desde la segunda mitad del siglo XVII, cuando fue utilizado en un cuadro de Cristóbal de Villalpando, conocido ahora solo por una vieja fotografía. Javier es peregrino en el desierto del mundo, pero su atención está en el nombre de Jesús en el cielo; por lo tanto, su figura sirve para conducir la mirada del devoto hacia el mismo fin.

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